La primera sede de la universidad estuvo ubicada en una casa de la 6 Avenida 0-28, zona 10. Se construyeron aulas alrededor del jardín, pero la falta de espacio se hizo sentir muy pronto. En 1977 inició la búsqueda de un terreno apropiado para las instalaciones académicas y administrativas. Se tomaron en cuenta cuatro factores importantes: su ubicación en la ciudad, la naturaleza topográfica, el tamaño y el precio.

La junta directiva centró su atención en una propiedad en la zona 10, entre la Calle Real de La Villa y la «hamaca» del bulevar de Vista Hermosa (también conocido como «el columpio de Vista Hermosa»). El terreno estaba compuesto por dos partes: una con acceso desde la 6 Calle de la zona 10 y la otra con acceso desde la Calle Real de La Villa, a través de Las Margaritas. Ambas partes eran en realidad dos barrancos separados por una península, con lo que se creaban así dos unidades que, de algún modo, tendrían que integrarse.

El terreno era de una belleza extraordinaria, con una flora y una fauna especiales, lo que hizo que la ubicación del edificio académico no fuera, en ese momento, evidente. Al estar el terreno rodeado de vías nutridas de tráfico vehicular, se tenía claro que se debía aislar el ruido de las vías circundantes, y crear un ambiente en que dominase la naturaleza existente.

El diseño arquitectónico estuvo a cargo del arquitecto Adolfo Lau, quien buscó crear espacios que cumplieran con los requerimientos académicos, conforme se iban consiguiendo los recursos. Algunos de los requerimientos eran evidentes en el campus de la casa; sin embargo, se visitaron algunos centros universitarios tanto en el país como fuera de él, para enriquecer las ideas sobre lo que no era tan evidente.

Los fundadores de la universidad, tanto instituciones como personas allegadas, del país y del extranjero, que comprendían y veían con simpatía las ideas e ideales de la UFM, dieron su tiempo y patrimonio para hacer de la universidad una realidad.

El arquitecto Lau, cuenta:

Nos centramos de manera prioritaria en el Edificio Académico. Este albergaría, desde un inicio, aulas, anfiteatro, biblioteca temporal, oficinas docentes y administrativas, baños y bodegas. En esta etapa incipiente, el plan maestro se realizó con información incompleta, ya que no podíamos saber las necesidades que surgirían en el futuro. Por un lado, éramos conscientes de que necesitaríamos una biblioteca y un centro estudiantil, pero, por otro, los requerimientos de unos edificios como la Escuela de Negocios y el Centro Cultural no eran aparentes durante estos comienzos.

En el diseño de los edificios, hubiera sido un error tratar de imponerse a la naturaleza. Al escoger las formas y los materiales de construcción se debía buscar siempre la armonía con el ambiente natural. Otro factor importante era seleccionar los materiales de construcción, pensando en cómo estos envejecerían, y qué carácter asumirían muchos años después. Otro de los aspectos determinantes en el proyecto fue la luz natural en los espacios interiores.

Parecía obvio que el Edificio Académico fuera ubicado en la parte más resguardada del terreno. De este modo, este sería inmune a los elementos distractores que pudieran existir a su alrededor. Finalmente, dicho espacio, central a todo el campus, fue acompañado por los edificios de la Biblioteca Ludwig von Mises y el Centro Estudiantil.

El odontólogo Ramiro Alfaro fue el promotor de la creación de la Facultad de Odontología. El edificio fue ubicado adyacente a la 6 Calle, en un terreno en la parte oeste del predio. La Facultad de Medicina se estableció en instalaciones cercanas al Hospital Herrera Llerandi, que no eran parte del terreno original de la UFM. Rodolfo Herrera Llerandi fue quien incentivó este proyecto.

En el lado oeste del terreno, por la 6 Calle de la zona 10, se encuentra el acceso principal a la UFM. Este se reservó para el ingreso de estudiantes, visitantes y administrativos. Esta área se conservó para el estacionamiento jardinizado y el Centro Cultural, compuesto por el Auditorio Juan Bautista Gutiérrez, el Museo Ixchel y el Popol Vuh, la exhibición sobre el Lienzo de Quauhquechollan, New Media y la Escuela de Cine. Estos ambientes están alrededor de un espacio techado denominado Plaza de la Libertad, que con luz cenital sirve de vestíbulo y como un centro de actividades estudiantiles, académicas, sociales y culturales.

En un terreno posterior al núcleo académico, se ubicó el Edificio de la Escuela de Negocios, donde se estimula el emprendimiento. En el edificio se ubica el Acton MBA, el Auditorio Milton Friedman y la Terraza Rose Friedman, además de ser el espacio de la Escuela de Negocios que ofrece diversas maestrías. En las paredes del edificio se puede apreciar el proyecto de dinero privado, numismática.

En el diseño de los edificios, hubiera sido un error tratar de imponerse a la naturaleza. Al escoger las formas y los materiales de construcción se debía buscar siempre la armonía con el ambiente natural. Otro factor importante era seleccionar los materiales de construcción, pensando en cómo estos envejecerían, y qué carácter asumirían muchos años después. Otro de los aspectos determinantes en el proyecto fue la luz natural en los espacios interiores.

Parecía obvio que el Edificio Académico fuera ubicado en la parte más resguardada del terreno. De este modo, este sería inmune a los elementos distractores que pudieran existir a su alrededor. Finalmente, dicho espacio, central a todo el campus, fue acompañado por los edificios de la Biblioteca Ludwig von Mises y el Centro Estudiantil.

El odontólogo Ramiro Alfaro fue el promotor de la creación de la Facultad de Odontología. El edificio fue ubicado adyacente a la 6 Calle, en un terreno en la parte oeste del predio. La Facultad de Medicina se estableció en instalaciones cercanas al Hospital Herrera Llerandi, que no eran parte del terreno original de la UFM. Rodolfo Herrera Llerandi fue quien incentivó este proyecto.

En el lado oeste del terreno, por la 6 Calle de la zona 10, se encuentra el acceso principal a la UFM. Este se reservó para el ingreso de estudiantes, visitantes y administrativos. Esta área se conservó para el estacionamiento jardinizado y el Centro Cultural, compuesto por el Auditorio Juan Bautista Gutiérrez, el Museo Ixchel y el Popol Vuh, la exhibición sobre el Lienzo de Quauhquechollan, New Media y la Escuela de Cine. Estos ambientes están alrededor de un espacio techado denominado Plaza de la Libertad, que con luz cenital sirve de vestíbulo y como un centro de actividades estudiantiles, académicas, sociales y culturales.

En un terreno posterior al núcleo académico, se ubicó el Edificio de la Escuela de Negocios, donde se estimula el emprendimiento. En el edificio se ubica el Acton MBA, el Auditorio Milton Friedman y la Terraza Rose Friedman, además de ser el espacio de la Escuela de Negocios que ofrece diversas maestrías. En las paredes del edificio se puede apreciar el proyecto de dinero privado, numismática.

Por iniciativa de la Facultad de Odontología, se inició en el 2007 el diseño del Edificio de Ciencias, con el objetivo de sustituir las instalaciones existentes de la Facultad de Odontología. Estas se localizan en la parte oeste del campus, en un terreno que colinda con la 6 Calle de la zona 10, y que constituye el ingreso principal de la UFM. Este edificio alberga la última tecnología para el aprendizaje y la atención a pacientes.

Con miras a la expansión, en el 2017, la UFM inaugura un campus en Panamá para el programa de maestrías de la Escuela de Negocios. En el 2018 abre una nueva sede en Madrid, España. Ahora, estudiantes de todo el mundo pueden obtener una licenciatura de la UFM fuera de Guatemala, con un enfoque en los principios libertarios de la economía clásica.

El campus sigue en constante evolución. En el 2021 se inauguran las nuevas instalaciones de la Clínica Viktor Frankl, de psicología, y la clínica de nutrición; donde estudiantes hacen sus prácticas con la supervisión de profesionales en sus ramas.